Jade Cocoon est un RPG, comme la série des Final Fantasy, mais possède des différences notables. Bien qu'il alterne phases de déplacement et combats, ceux-ci ne sont pas aléatoires : les créatures de la forêt sont en effet visibles (et parfois évitables) avant le combat. De plus, la possibilité de capturer les créatures de la forêt dans des cocons de soie, et en faire des Créatures divines après purification, permet au joueur de dresser, entraîner et même fusionner les créatures capturées. Le système de combat est basé sur le tour par tour. Le joueur a alors la possibilité d'utiliser des objets achetés au village ou trouvés dans la forêt, frapper la créature adverse, tenter de la capturer ou invoquer une créature divine avec son ocarina. De plus, les créatures divines disposent très souvent, en plus des frappes physiques, d'attaques physiques basées sur la magie ou de magie pure.

Enfin, les créatures grandissent et leur apparence évolue avec les niveaux, correspondant à une croissance naturelle. Dans le cas d'une fusion, l'ordre des créatures fusionnées et leurs types et apparence a donc une influence sur les statistiques et l'apparence de la créature résultant de la fusion.