Les tests SARS-CoV-2 : un scandale d’Etat (partie 1) (pas du tout mais faut bien savoir se vendre)

Petit disclaimer :

- Pour des scientifiques, la vulgarisation fera sûrement mal aux yeux. Mais le but c’est que ça soit lisible par tout le monde.

- Je bosse dans la Recherche, donc pas de soucis pour le côté théorique et technique, par contre, je suis moins chaud sur les techniques de prélèvements par exemple donc soyez indulgents.

- Ce que je vous dis est factuel. Il y a peut-être d’autres facteurs que je ne connais pas, donc je n’extrapole pas. Le côté «Chaque centime investi dans la santé publique est un centime qu'un des potes de macron ne peut pas détourner» comme on me l’a dit est peut-être vrai (sûrement en fait), mais je n’en sais rien et ce n’est pas mon domaine alors j’évite d’en parler.

Partie 1 : Petit avant-propos sur la technique utilisée pour détecter le covid19 (mais aussi plein d’autres trucs) :

Pas mal de moyens théoriques différents pour détecter en masse des infections virales ou bactériennes, mais une des plus prisées reste aujourd’hui la PCR (Réaction de Polymérisation en Chaine). Il s’agit d’une technique qui a révolutionné la biologie au début des années 1990 et qui consiste basiquement à multiplier les molécules d’ADN comme Jésus multiplie les pains. C’est très rapidement devenu une technique réalisée en routine dans la plupart des laboratoires de recherche et d’analyse. On l’utilise dans tous les domaines : agroalimentaire, police scientifique, conseil génétique, analyses pour détecter des pathogènes etc.

La quantité d’ADN que l’on retrouve sur une scène de crime par exemple est extrêmement faible. La PCR permet donc (à l’aide d’enzymes bactériennes) d’amplifier de manière exponentielle la quantité d’ADN récupérée afin de pouvoir par la suite détecter/mesurer/ identifier (selon l’application) cet ADN, avec les instruments à notre disposition.

Dans le cadre du Covid donc, on va faire un prélèvement dans votre gorge (ou le nez peut être, comme je vous disais c’est pas trop mon domaine). Il y aura donc, entre autres, du mucus, des cellules mortes vous appartenant, des bactéries et des particules virales si vous êtes positif.

Il faut ensuite extraire l’ADN de tout ce petite monde (je simplifie, pas taper svp) et ensuite on va réaliser la technique de PCR sur cet ADN que l’on a obtenu.

Il faut savoir que la PCR ne fonctionne pas comme un séquençage où on aura la liste de tout ce qui est présent. Une PCR se fait avec à priori : c’est-à-dire que l’on doit savoir ce que l’on veut chercher.

Dans le cas des tests Covid, on va chercher des portions d’ADN que l’ont peut retrouver uniquement dans ce virus et pas un autre (pour de ce fait éviter les faux positifs). On teste donc 3 gènes du Covid + 1 gène dit « contrôle » pour vérifier que notre PCR a bien fonctionné.

Il y a plusieurs types de PCR et plusieurs manières de la réaliser expérimentalement. A l’ancienne (toujours vrai dans certains labos de recherche par exemple) on va préparer les échantillons en prenant : notre enzyme qui va réaliser la réaction de PCR ; ce qu’on appelle des amorces qui seront spécifiques de la portion d’ADN que l’on veut amplifier (donc du Covid ici) ; du magnésium par exemple qui aide notre enzyme à bien fonctionner ; un tampon pour lui apporter le bon pH et évidemment notre échantillon que l’on veut amplifier.

Tout cela est pipeté à la mano*. Donc vous imaginez bien que si vous avez des centaines d’échantillons par jour, ça prend 12 ans et c’est chiant. *Enfin bon, c’est leur taff vous me direz.

Les compagnies qui fournissent tout ce matériel ont mis au point ce qu’on appelle des Master Mix de PCR : des tubes avec déjà tout dedans. Vous avez juste à ajouter le bouzin dans votre extrait d’ADN.

Et puis par la suite, ils ont aussi développé des automates : tout est pipeté automatiquement (ou presque) et ça va beaucoup plus vite.

Et puis aussi un type spécial de PCR qui permet de faire du multiplexing, c’est-à-dire détecter plusieurs gènes d’un coup (en l’occurrence les 3 gènes du covid + le contrôle).

Toutes ces avancées mises ensemble permettent donc de facilement diviser le temps nécéssaire pour un test par 10.

Tout ça coûte cher. Les labos de recherche par exemple ne peuvent pas tous se permettre d’utiliser ces technologies. Un test covid par exemple coûte 20 € (plus ou moins dépendamment des contrats mais partons sur 20 balles). Ce qui pour moi est inimaginable. Mais bon business is business.

Petit point amusant, les laboratoires d’analyse sont remboursés environ 54 € par la Sécu. Pour un test qui coûte 20 balles. lel Il faut bien payer les machines et le personnel mais ça fait quand même du bon gros bénéf sale

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bobbylamousse

La suite quand j’aurai le courage, mais je tease un peu :

Je vais vous parler du début de la crise Covid, et comment les hôpitaux se sont retrouvés avec des techniques obsolètes et lentes pour détecter le Covid, tout en n’ayant pas les machines nécessaires pour utiliser des méthodes optimisées. En partie parce que les hôpitaux sont à flux tendus (et c’est un euphémisme) en matière de liquidités. Et puis je vous parlerai aussi de cette "petite" société française qui a fait de son mieux mais qui n’avait pas les épaules pour fournir l’ensemble des tests en France.

Schloren
Schloren
3 ans

Petite précision : pour l'instant l'écouvillonnage se fait vraiment au fond du nez. Peut-être que bientôt que sera buccal ou salivaire (voire même dans les selles, paraît que ça s'y concentre assez bien) ce qui facilitera les prélèvements et donc l'exécution de la phase pré-analytique (car ça va dépoter)

Oué j'avoue pour le prix ils se touchent ! (Heureusement que j'y échappe)

Ci-joint une petite vidéo pour illustrer un peu le tout :

Si il reste des lapins, voici le pourquoi du comment : pourquoi multiplier autant l'ADN (ou ARN) de ce qu'on cherche ? Tout simplement pour rendre visible à notre œil humain ce qui est invisible.

bobbylamousse

@Schloren: ah oui écouvillonnage, je ne retrouvais pas le mot et du coup j'ai eu la flemme de chercher ! Ça me revient maintenant. Ce que cet homme dit est vrai

Marlebe
Marlebe
3 ans

Cool la box, j'attends la suite avec impatience !

kodi
kodi
3 ans

*ARN pour le covid.


On fait pas tout à la mano, notre labo a monté des équipes de diagnostique (dont je fais parti), c'est assez rapide à faire : 3000 tests/jours. (le plus dur pour moi c'est commencé a 7h30... )

1. On reçoit les échantillons, on leur donne un nouveau code barre, ensuite on scanne l'ancien et le nouveau code barre. (ancien = personne, le nouveau sera pour le suivre dans l'analyse), c'est pas biologique mais + logistique ici.
2. On désactive après le virus, on ouvre les échantillons et là on pipette une partie qu'on place dans un autre tube qui contient un tampon de lyse

L'étape 1 et 2 sont faite en laboratoire L2 ou L2+, donc combi complètement, hotte, pièce pression négative...Etc

Ensuite les étape suivante se fera en labo normal car le virus est désactivé, donc là il font l'extraction de l'ARN du virus (ca pipette à la main, mais avec des machines qu'on dirige à la main on va dire, donc ca va très vite des plaques de 96 échantillons sont faites assez facilement) et une partie est aussi automatisé;
Ensuite PCR chaque plaque est lu, et on a les résultats.


Les prix je sais pas trop, mais c'est pas aussi cher qu'on le pense en tout cas pour chez nous.
(Je suis pas en France je précise, d'ailleurs je comprends pas pourquoi la France est si lente sur les tests)

bobbylamousse

@kodi: pour le à la mano je parlais de la pcr point final avec des kits trucs classiques genre pfu, taq plat ou ce genre de choses où tu fais ton mix toi même. Pas spécialement dans un cadre covid. Même si tu verras ça a son importance dans la box que je ferai sur la suite. C'est pour ça que j'ai parlé des mix ici.

Et le ARN j'ai voulu simplifier. Je sais que la plupart des gens n'ayant pas fait S ne connaissent pas l'arn. Alors que l'ADN ça va. Le but c'était vraiment de faire une base pour comprendre un peu comment ça marche et pourquoi ça a été la merde.

kodi
kodi
3 ans

@bobbylamousse: ARN / ADN c'est pas ce qui a le plus compliqué à expliquer, tu aurais pu ^^...

Tu fais quoi en vria ?

High_Box
High_Box
3 ans

@kodi: Tu es dans quel pays ?

Vous n'avez pas de soucis d'approvisionnement sur les consommables liés aux automates, que ce soit plaques, pointes, réactifs, etc.?

Car c'est un des gros problèmes en France et avec la multiplication des tests ce n'est pas près de s'arranger.

kodi
kodi
3 ans

@High_Box: Pour le moment aucun, après on utilise une méthode mise au point chez nous, qui utilise d'autres réactifs

High_Box
High_Box
3 ans

C'est cool ce petit boulot de vulgarisation, l'important c'est que tout le monde puisse saisir, osef des imprécisions.

Je pense que du côté approvisionnement fournisseur et processus de commande des entités publiques il y aura pas mal de choses à rajouter, car c'est aussi deux facteurs qui ont grandement influé sur la capacité à effectuer rapidement un grand nombre de tests.

Je suis du côté fournisseur donc si cette partie intéresse quelqu'un je pourrai apporter des précisions en commentaire de ta prochaine box.

etpuismerde

> Il faut ensuite extraire l’ADN de tout ce petite monde (je simplifie, pas taper svp) et ensuite on va réaliser la technique de PCR sur cet ADN que l’on a obtenu.

on multiplie tous les ADN qu'on a trouvé ? ou le truc ne multiplie l'ADN que de ce qu'on a choisi ?

bobbylamousse

@etpuismerde: que de ce que tu as choisi. Ton enzyme est capable de tout amplifier théoriquement, donc on va lui donner des guides (les amorces dont j'ai parlé) pour lui dire d'amplifier spécifiquement ce qui nous intéresse.

Donc parmi tout ton ADN qui provient d'un peu tout, il te faut un truc vraiment spécifique du Covid dans notre cas : un morceau d'ADN trop petit pourrait être retrouvé ailleurs et un trop grand serait difficile à amplifier pour l'enzyme. C'est comme si tu recherches un livre sur google. Si tu tapes 3 mots qui se suivent pris au hasard dans le bouquin, tu auras des millions de correspondances et si tu copies/colles un chapitre entier, tu n'en n'auras aucune. Il te faut la bonne taille, et les bons mots qui seront propres à ton livre.

Ce qui est donc un avantage de cette technique : c'est rapide car on amplifie uniquement des petits fragments d'ADN, donc ça prend entre 30 min et 1h30 (la technique en elle même, pas le pipetage des réactifs et tout).

Mais aussi un inconvénient parce que tu dois savoir ce que tu recherches.

C'est assez clair ?

etpuismerde

@bobbylamousse: yes, merci bien

Hqro
Hqro
3 ans
GIF
GIF

Commentaire supprimé.

Grouchy
Grouchy
3 ans

Je vous recommande fortement cette vidéo : https://www.youtube.com/watch?v=kOQ-VxQOKao (Partie 1: Mechanisme d'une théorie de complot, Partie 2 : Démontage d'une théorie liée à l'actualité Covid-19 + gouvernement)

Kaporal974
Ce commentaire a reçu beaucoup de votes négatifs

C'est pas parce que tu es technicien de surface au cnrs que t'es chercheur...

bobbylamousse

@Kaporal974: c'est vrai. Mais ça reste suffisant pour lustrer ta grosse daronne tous les soirs donc je m'en contente

Kaporal974

@bobbylamousse: c'est toi qui passe tous les soirs alors ! Tu pourrai remettre l'urne au bon endroit stp ? C'est un manque de savoir vivre

bobbylamousse

@Kaporal974: je la laisse près de la fenêtre pour que ça sèche un peu quand j'ai fini en général

Kaporal974

@bobbylamousse: Ok, c'est toujours sympa d'aider les gens en manque d'affection, et qui ont un niveau d'éducation proche des pâquerettes ! J'espère que tu ne te reproduira pas, ça aiderai l'humanité. Bisous

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